本发明是一种医药用薄型材料的激光在线多头打孔方法和装置。本方法是:将激光器输出的连续高功率激光经过光学分光和经过一个或多个旋转多棱镜(5)扫描分光,分成多束脉冲激光,实现同时在连续运动的医药用薄型材料的传送架(8)上通过局部汽化在线打多排透气孔。本装置设有激光器,以及由半透半反镜组(2)和全反镜组(3)、一个或多个旋转多棱镜和一个包括反射镜和聚焦镜的光聚焦头(6)组成的光学变换机构;光学变换机构将连续激光束形成多个激光打孔头(9),它们位于医药用薄型材料的传送架(8)上,每一个打孔头内装有辅助气体喷射机构